Ein tiefer gelegenes Gebiet der Erdoberfläche begrenzt von den höheren Punkten des Reliefs. Das vom Regen stammende Wasser fliesst zu den tiefst gelegenen Stellen des Reliefs und bildet Wasserläufe (Fluss, Bach, ) oder See (Lagune). Vergleichbar mit einem nicht ganz ebenen Boden, der das gesamte Wasser an einer bestimmten Stelle sammelt und es zu den tiefer gelegenen Teilen leitet (Abflussrohr).
Bei den hydrografischen Becken existieren Ein- und Abflüsse des Wassers. Die Niederschläge (Regen) und der unterirdische Fluss des Wassers sind die Eingänge. Die Ausgänge bilden sich durch Verdampfung, durch die Transpiration der Pflanzen und der Tiere, sowie dem Ablauf des Wassers an der Oberfläche (Flüsse und Bäche) und subterran.
Weil sie ein Übergangsgebiet zwischen den Biomen Cerrado, Atlantischer Regenwald, Amazonien, Chaco von Paraguay und Chiquitanos von Bolivien ist, präsentiert die Pantanal-Region ein Mosaik von terrestrischen Ökosystemen, vor allem mit Affinitäten des Cerrado und des Chaco, sowie parziell mit dem Amazonas-Regenwald – ausserdem mit aquatischen und semi-aquatischen Ökosystemen, die von einander mehr oder weniger abhängig sind.
Die Plateaus und höher gelegenen Teile des Beckens werden von felsigen Arealen und Resten erodierter Hochebenen gebildet, die man lokal als “Serras“ bezeichnet. Sie sind bedeckt von überwiegend offener Vegetation, wie den “Campos limpos“, den “Campos sujos“, den “Campos serrados“, den “Cerrados“ und den “Cerradões“. Ihre Komposition wird vorwiegend von klimatischen Faktoren und solchen des Bodens bestimmt, sowie von feuchten Wäldern – einer Ausdehnung des amzonensischen Ökosystems und dem Biom des Atlantischen Regenwaldes.
Auf der periodisch überschwemmten Ebene, die das eigentliche Pantanal bildet, kann man Ebenen von niedriger, mittlerer und hoher Überflutung unterscheiden. Diese periodisch vom Wasser bedeckten Biotope präsentieren eine hohe biologische Produktivität, eine grosse Dichte und Verschiedenheit der Fauna.
Die Überschwemmungen sind verantwortlich für den Lebenszyklus im Pantanal, sie bieten die Konditionen zur Entwicklung von Tieren und Pflanzen in ihrer ganzen Schönheit.
Deshalb sind die Erhaltung der Quellen auf den Anhöhen der Ebene, sowie Praktiken einer wirtschaftlichen Produktion, welche dieses Ambiente nicht stören, von fundamentaler Bedeutung für den Fortbestand des Feuchtgebietes Pantanal.
Obwohl sich der grösste Teil der überschwemmbaren Ebene im Bundesstaat Mato Grosso do Sul befindet, entspringen die meisten Flüsse des Pantanal-Beckens im Bundesstaat Mato Grosso (im Norden).
Der so genannte Quellenbogen umspannt die Wasserscheiden des Beckens und ist präsent in einer weiten Fläche, welche sich von Rondonópolis, über die Chapada dos Guimarães und Diamantina, bis Cáceres erstreckt.
Dieses Gebiet – in dem sich die Quellen der Flüsse Paraguai, Sepotuba, Cabaçal, Jauru, Cuiabá, São Lourenço, Manso, dos Bugres, Coxim und Taquari befinden – ist verantwortlich für die Lieferung von 70% des Wassers, das zum Pantanal fliesst. Deshalb ist der Schutz der Flussquellen fundamental für die Konservierung des Pantanal.
