Wird das Pantanal und andere Feuchtgebiete Brasiliens künftig nicht stärker geschützt, drohen sie zu verschwinden, wie bei einer öffentlichen Anhöring in der brasilianischen Hauptstadt Brasília angeprangert worden ist. Kritisiert wird von Forschern und Umweltschützern ebenso das Umweltgesetz Código Florestal, das 2012 trotz starker Proteste aufgeweicht worden ist.

Abgesehen von den mittlerweile geringeren Abständen zu verschiedenen Biotopen lässt sich der Código Florestal nach Ansicht der Experten im Pantanal nicht umsetzen, da er sich auf Einzelflächen und nicht auf ein zusammenhängendes Feuchtsystem bezieht. Beklagt wurde zudem, dass hohe Kahlschlagsraten, Erosion und Versandung der Gewässer durch eine intensive Landwirtschaft das wertvolle Feuchtgebiet bedrohen. Zur Zerstörung bei.

Studien über Veränderungen der Vegetationsdecke im Becken des Alto Paraguai zeigen, dass von den 370.000 Quadratkilometern seit 2010 über 2.000 Quadratkilometer kahlgeschlagen wurden. Noch sind 85,7 Prozent der ursprünglichen Vegetation der Ebene erhalten sowie 40 Prozent der Hochebene, zu der auch Teile des Cerrado gehören. Große Bereiche werden für die Viehhaltung genutzt, aber auch der landwirtschaftliche Anbau weitet sich immer weiter aus. Beobachtet wurde ebenso eine Zuname beim Anbau von Eukalyptus. Seine Anbaufläche hat um 22 Prozent zugenommen.

Per brasilianischem Gesetz heißt es lediglich, dass in Sumpf- und Feuchtgebieten ökologisch nachhaltig gewirtschaftet und die Empfehlungen von Forschungseinrichtungen beachtet werden sollten. Statt auf eine bessere Gesetzgebung zu warten, wird mit verschiedenen Projekten versucht, ein Umdenken zu erreichen. Um die nachhaltige und naturschonende Bewirtschaftung zu fördern, wird vom World Wildlife Fond (WWF) beispielsweise ein Zertifikationssystem für Rinderhalter unterstützt, das im Bundesstaat Mato Grosso do Sul bereits 120.000 Hektar umfasst. Geht es nach dem WWF soll das Pantanal zum Vorzeigebeispiel werden, was den verantwortlichen Umgang mit Feuchtgebieten anbelangt.

Um den Schutz der Quellbereiche der wichtigsten Flüsse des Pantanal dreht sich der Pacto em defesa das Cabeceiras. Diesem haben sich Organisationen, Unternehmen, Landwirte und 70 öfentliche Einrichtungen angeschlossen, darunter 25 Munizipe. Jeder von ihnen hat sich verpflichtet, mindestens vier Punkte aus einem Katalog von 34 Maßnahmen zum Schutz der größten Feuchtsavanne der Welt zu erfüllen.