Das Pantanal gilt als eins der besten Öko-Reiseziele der Welt. Allerdings wurden bisher kaum Forschungsarbeiten mit den Auswirkungen des Tourismus auf die Tierwelt der einzigartigen Feuchtsavanne durchgeführt. Zu diesem Schluss kommt das Forschungszentrum des Pantanals (CPP), das mehrere Diskussionsrunden mit Akademikern zu dem Thema durchgeführt hat.
Dass die Tourismusbranche sehr wohl Auswirkungen auf das Ökosystem und die Tiere des größten Feuchtgebietes der Welt hat, zeigt das Beispiel der Anfütterung. Um Reisenden die Beobachtung eines Jaguars zu ermöglichen, werden diese teilweise zu Futterstellen gelockt. Dies ist allerdings verboten, da es ein Eingreifen in das natürliche Verhalten der Wildkatze darstellt und sich ebenso auf das Ökosystem auswirken kann. Statt zu jagen werde das einfacher erhältliche Futter bevorzugt, das ihnen in Häppchen dargeboten werde, erklären Biologen. Die Praxis ist jedoch auch gefährlich für die Touristen selbst. Mit der Anfütterung können die Tiere die Scheu vor den Menschen verlieren und diese möglicherweise angreifen. Im vergangenen Jahr wurden wiederholt Jaguare beobachtet, wie sie über das Gelände von Pousadas oder nahe Siedlungsgebieten streifen. Eingehendere Studien zu dem Thema gibt es indes nicht.
Wenig bekannt ist auch darüber, wie sich der Strom von Ausflugsbooten auf den Flüssen des Pantanal auf die Tierwelt auswirkt. Sei es die Präsenz der Menschen oder der Auto- und Bootsverkehr, Einflüsse werden befürchtet, jedoch sind diese nicht belegt. Betroffen ist ebenso die Bevölkerung. Wie vom Forschungsarbeiten des Pantanals hervorgehoben wird, profitieren die Einwohner generell nur wenig von den touristischen Aktivitäten, während sie gleichzeitig aber von verteuerten Preisen verschiedener Produkte betroffen sind.
Um dem Defizit an Aussagen über mögliche Beeinträchtigungen des Tourismus im Pantanal entgegenzuwirken, sind für 2015 verschiedene Studien geplant, in die ebenso die Bevölkerung integriert werden soll. Darüber hinaus sollen in den Bundesstaaten Mato Grosso und Mato Grosso do Sul weitere Diskussionsrunden und Tagungen zu dem Thema stattfinden.