Noch gilt das Pantanal als das größte Feuchtgebiet der Welt. Kommt es jedoch tatsächlich zu einem Klimawandel und wird dem weiteren Vordringen der intensiven Landwirtschaft nicht Einhalt geboten, kann es sein, dass das Pantanal in hundert Jahren als solches nicht mehr existiert. Studien der UNO deuten daraufhin, dass in den kommenden 100 Jahren weltweit etwa 85 Prozent der Feuchtgebiete verschwinden werden. Betroffen ist davon auch das Pantanal.

Etwa 20 Prozent der Landesfläche Brasiliens stehen stetig oder zeitweise unter Wasser und sind als Feuchtgebiet eingestuft. Den Großteil der Fläche nimmt dabei das Pantanal ein. Das ist jedoch ernsthaft in seinem Bestand bedroht, wie beim zweiten brasilianischen Kongress über Feuchtgebiete (Conbrau) konstatiert wurde. Der fand vor Kurzem in der Stadt Cuiabá statt. Wissenschaftler, Studenten, Vertreter der Zivilgesellschaft und Interessierte aus ganz Brasilien und ebenso anderen Ländern wie Australien, Indien, den USA und Deutschland haben bei diesem über die Bedrohung des einzigartigen Bioms diskutiert.

Die Bedrohung ist keineswegs nur hausgemacht. Vielmehr tragen ebenso die globalen, klimatischen Veränderungen zu dem Problem bei. Auf regionaler Ebene spielt die intensive Landwirtschaft eine wichtige Rolle bei der Verdrängung und Beeinträchtigung der Feuchtgebiete. Beklagt wird von den Forschern unter anderem eine Verdichtung des Bodens und das Ausbringen von hohen Mengen an chemischen Dünge- und Pflanzenschutzmitteln. Als weiteres Problem wird die Verarmung der Bevölkerung angeführt, die vor allem von der Viehhaltung lebt. Durch die Beweidung werde jedoch ein Überangebot an trockener Biomasse verhindert, die sich leicht entzünden und somit großflächige Brände verursachen könne. Schon jetzt werde jedoch eine Verminderung der Zahl der Weidetiere beobachtet, so die Forscher.

Um das Pantanal und andere Feuchtgebiete besser zu schützen fordern die Wissenschaftler umfassende Strategien, die nicht nur die unmittelbare Umgebung der Feuchtflächen betreffen, sondern die Gesamtheit von hydrographischen Becken umfassen. Zudem klagen sie eine Kartierung aller Feuchtgebiete Brasiliens ein.