Noch ist nicht erforscht, wie viele Fischarten es im größten Sumpfgebiet der Welt gibt. Etliche Studien befassen sich derzeit zwar mit der Frage welche Fischarten in den Flüssen des Pantanal vorkommen. Doch die Zeit drängt. Wie Untersuchungen zeigten, ist der Fischbestand zunehmend bedroht. Eine große Rolle spielt dabei nicht nur die kommerzielle Fischerei, sondern vor allem die illegale Abholzung und Vernichtung der Vegetation am Uferrand.

Per Gesetz sind beidseitig jeglicher Fließgewässer Schutzzonen von mindestens 30 Metern einzuhalten. Nicht jeder hält sich allerdings daran und lässt den Mata Ciliar unangetastet. Wie der Biologe Claumir Cesar Muniz von der Universität von Mato Grosso herausfand, hat dies jedoch enorme Folgen für die Flüsse und die Unterwasserlebewesen. Die Erosion nimmt zu und es kommt zu einer Versandung der Fließgewässer. Der Fluss verliert dadurch an Tiefe, was wiederum den Lebensraum der Fische beeinträchtigt. Darunter leiden vor allem Fischarten, die zum Überleben und zur Vermehrung auf eine bestimmte Wasserquantität angewiesen sind.

Noch sind die meisten Fische nicht in ihrer Existenz bedroht, wie der Wissenschaftler sagt. Allerdings verweist er darauf, dass einige Fischarten aufgrund der Veränderungen bestimmte Flussabschnitte verlassen, um sich andernorts anzusiedeln und vermehren zu können. Muniz konstatiert, dass die Vernichtung der Ufervegetation einen wesentlich größeren Einfluss auf die Lebewesen der Flüsse hat, als die exzessive Fischerei.

Neben der Frage zur Qualität der Flüsse ist ein weiterer Schwerpunkt der Studie herauszufinden, welche Fische in den Flüssen vorkommen. Bisher wurden allein im Bereich der ökologischen Schutzstation Taiamã im Süden des Bundesstaates Mato Grosso bereits über 170 verschiedene Fischarten bestimmt. Unter anderem entdeckten die Forscher einen Fisch, dessen Merkmale mit keiner anderen Fischart des Pantanal übereinstimmen. Muniz vermutet, dass es sich dabei entweder um eine bisher nicht katalogisierte und somit neue Fischart handeln könnte. Möglich sei aber auch, dass die Art aus dem Amazonasgebiet eingewandert ist, was eine äußerst große Rarität sei, so der Biologe.